O Programa de Pós-Graduação em Odontologia iniciou suas atividades em 2011 e funciona em nível de Mestrado. A Área de Concentração do PPGO-UFPI é Ciências Odontológicas, com duas linhas de pesquisa: (1) Epidemiologia, etiologia e controle das doenças bucais e (2) Biociências e materiais odontológicos. O programa tem como objetivo a formação de mestres em Odontologia, qualificados com capacidade técnico-científica de gerar novos conhecimentos e de atuar no campo da docência, da pesquisa e propiciar condições para o trabalho interdisciplinar em áreas de interesse comum. Além disso, desenvolve atividades de cooperação com outras instituições do país, objetivando qualificar seu corpo docente e discente e implantar linhas de pesquisa de acordo com a realidade daquela instituição e região. O ingresso no Programa ocorre por meio de seleção anual de candidatos portadores de diploma de nível superior em Odontologia. O corpo docente é formado por professores com qualificação na área da orientação e experiência em ensino e pesquisa. O programa recebeu conceito 3 pela CAPES, sendo conceito inicial para implantação de um programa a nível de mestrado. Esforços constantes estão sendo realizados para que haja uma melhora nesse conceito na próxima avaliação da CAPES.