A resistência das plantas a patógenos resulta da interação entre fatores genéticos e do microbioma associado. Este estudo investigou como genótipos resistente e suscetível de feijão-fava (Phaseolus lunatus L.) estruturam as comunidades bacterianas da rizosfera e da filosfera sob inoculação por Colletotrichum truncatum. Utilizando sequenciamento do gene 16S rRNA, análises de diversidade, estrutura bacteriana, abundância diferencial e redes de coocorrência, foi avaliado o papel dos dois compartimentos microbianos na resposta à antracnose. A ordenação (CAP) e a PERMANOVA mostraram que o genótipo foi o principal fator na estruturação das comunidades bacterianas em ambos os compartimentos. Na rizosfera, o genótipo resistente apresentou redução da diversidade após inoculação, enquanto o suscetível exibiu aumento, sugerindo instabilidade microbiana frente ao estresse. A composição taxonômica evidenciou o enriquecimento de táxons associados ao biocontrole, como Bacillus, Streptomyces, Shinella e Microbacterium, principalmente no genótipo resistente inoculado (Rs+Ct). A análise de gêneros exclusivos mostrou que plantas resistentes recrutaram mais táxons específicos em ambos os compartimentos. As redes de coocorrência revelaram que o genótipo resistente manteve redes mais coesas e com predominância de interações positivas, sobretudo na filosfera, indicando maior estabilidade e funcionalidade ecológica. Em conjunto, os resultados demonstram que a resistência à antracnose no feijão-fava depende da integração entre genótipo e microbioma, na qual a rizosfera atua como núcleo estabilizador e a filosfera se reorganiza funcionalmente para reforçar a defesa.