O peixe-boi marinho, Trichechus manatus, é uma espécie ameaçada de extinção que habita preferencialmente águas costeiras. As baías estuarinas e os estuários são considerados importantes habitats para a espécie por oferecer condições ecológicas propícias para sua sobrevivência. São necessárias avaliações abrangentes dos fatores que influenciam a utilização, pela espécie, de determinados estuários em detrimento de outros. Com foco na região nordeste do Brasil, o objetivo deste estudo foi preencher essa lacuna e identificar características ambientais em estuários brasileiros que influenciam a ocorrência da espécie. Dos estuários e de seus entornos foram compilados dados ambientais incluindo características dos rios (vazão, regime de fluxo, comprimento, profundidade, sinuosidade, declividade, área, descarga de sedimentos); aspectos da vegetação (área de manguezal, ocorrência de vegetação marinha); clima (temperatura, índice de umidade, precipitação) solo (frações de argila, silte e areia das bacias hidrográficas) e dados da ação humana (área urbana, área de barragens, e áreas de aquicultura). Enquanto, dados de estuários em que o peixe-boi ocorre, foram reunidos por meio de um levantamento sistemático em bases de dados eletrônicas, boletins técnicos científicos e relatórios de instituições voltadas à pesquisa e proteção da espécie. A partir dessa compilação, foram feitas análises estatísticas utilizando o método de modelagem do Maxent a fim de se inferir quais correlatos ambientais poderiam influenciar a utilização dos estuários pela espécie. Os resultados do levantamento identificaram 40 estuários nordestinos com ocorrência de peixe-boi. Os registros apontaram a presença frequente da espécie em 52,5% dos casos. A análise da máxima entropia do Maxent sugere que os picos de vazão dos rios, o escoamento superficial, a quantidade de silte presente no solo das bacias hidrográficas e as áreas de manguezais dos estuários influenciam a probabilidade de ocorrência do peixe-boi. Sendo a variabilidade do regime de fluxo e o escoamento superficial fatores de maior contribuição para a ocorrência potencial de T. manatus em estuários. Especialmente no contexto de crescentes pressões antrópicas sobre os ecossistemas estuarinos, nossas descobertas podem contribuir com medidas de gestão mais assertivas para a conservação desses animais ameaçados e dos ecossistemas costeiros onde vivem.