As espécies do gênero Bacillus são conhecidas por controlar eficientemente nematoides em raízes de plantas, especialmente aqueles que causam lesões radiculares, como Pratylenchus spp. No entanto, a eficácia desse controle pode variar entre as diferentes espécies de Bacillus. Além disso, essas bactérias podem influenciar as comunidades microbianas da rizosfera, contribuindo ainda mais para o controle de nematoides. Neste estudo, avaliamos os efeitos de B. subtilis e B. amyloliquefaciens, tanto individualmente quanto em co-inoculação, na supressão de Pratylenchus spp. e nas mudanças nas comunidades microbianas da rizosfera de genótipos de feijão-fava (Phaseolus lunatus), incluindo variedades crioulas e melhoradas. Especificamente, avaliamos as situações de Pratylenchus spp. em amostras de solo e raízes após a aplicação das bactérias. Além disso, analisamos as possíveis alterações nas comunidades microbianas da rizosfera desses genótipos. Nossos resultados revelaram que a inoculação com ambas as espécies de Bacillus prejudicou as populações de Pratylenchus nas raízes, sendo que B. subtilis apresentou maiores táxons de supressão, particularmente no genótipo crioulo de feijão-fava. A co-inoculação aumentou a riqueza e a diversidade microbiana na rizosfera. O microbioma da rizosfera foi dominado por Actinobacteria, Proteobacteria e Firmicutes, com B. subtilis e B. amyloliquefaciens influenciando a abundância de gêneros bacterianos específicos. A inoculação também alterou funções preditas relacionadas ao ciclo do nitrogênio e à manipulação de matéria orgânica, revelando respostas microbianas específicas para cada genótipo. Este estudo demonstra que ambas as espécies de Bacillus podem suprimir eficazmente Pratylenchus nas raízes do feijão-fava e moldar distintamente as comunidades microbianas da rizosfera.