No presente trabalho, 20 diferentes protocolos para a extração de proteínas de sementes de feijão-caupi (Vigna unguiculata (L.) Walp.) foram avaliados levando em consideração quatro parâmetros: procedimento analítico, tempo, temperatura e tipo de solvente. Após cada procedimento de extração, o teor de proteínas totais foi determinado, onde os resultados estão inseridos em uma faixa de 8,75 ± 1,3 e 86,6 ± 6,9. Destaca-se que os efeitos do procedimento analítico, tipo de solvente e temperatura de extração foram significativos para a eficiência de extração. Para o estudo comparativo entre os perfis cromatográficos, os protocolos P4, P8, P10, P16, P18 e P20 foram selecionados, pois demostraram maior eficiência na extração. A analise dos perfis cromatográficos demostrou que, comprando-se a faixa de massa molecular das proteínas extraídas, protocolo P18, o qual usa água com solvente, radiação micro-ondas como procedimento a uma temperatura de 50 ºC apresentou maior eficiência para sementes de feijão-caupi frente aos demais protocolos propostos neste estudo. Adicionalmente, a análise por componentes principais (PCA) demonstrou a separação efetiva dos protocolos P4 e P18 comparado aos demais protocolos.