Devido à grande importância dos métodos de precipitação para o preparo de amostras em proteômica, os protocolos empregando acetonitrila, etanol, acetona e sulfato de amônio foram aplicados ao extrato proteico de carne caprina e avaliados considerando a concentração de proteína recuperada e os perfis obtidos por HPLC-SEC-DAD. Os solventes orgânicos apresentaram valores de recuperação na faixa de 59,67 ± 2,49% a 64,28 ± 7,11%, superiores quando comparado ao de sal neutro. O protocolo usando sulfato de amônio 60% (m:v) saturado apresentou o maior percentual de recuperação frente aos demais protocolos usando solução saturada com sulfato de amônio e melhor separação cromatográfica para as biomoléculas com massa molecular 54,9 kDa e 13,8 kDa quando comparado aos demais protocolos. A acetona foi o único agente precipitante que favorece a precipitação simultânea das biomoléculas de massa molecular 4 kDa e 1,9 kDa, enquanto a acetonitrila foi o único agente precipitante que favorece seletivamente a precipitação da biomolécula de massa molecular 4 kDa. Os protocolos usando solução saturada com sulfato de amônio e etanol proporcionaram o enriquecimento do composto de massas molecular 1,9 kDa. A precipitação de proteínas do pernil caprino por adição dos agentes precipitantes estudados abre perspectivas para ensaios de caracterização e identificação das biomoléculas presentes nessa matriz animal.