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Banca de QUALIFICAÇÃO: UESLEI SILVA LEÃO

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de DOUTORADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE: UESLEI SILVA LEÃO
DATA: 28/02/2020
HORA: 14:00
LOCAL: Sala do Núcleo Integrado de Morfologia e Pesquisa com Células-Tronco (NUPCelt-CCA/UFPI)
TÍTULO: Análise genética e genômica do capim corrente, Urochloa mosambicensis (Poaceae): sequenciamento, desenvolvimento de ferramentas moleculares e caracterização molecular
PALAVRAS-CHAVES: biotecnologia, genoma, gramínea, microssatélites, SSR.
PÁGINAS: 120
GRANDE ÁREA: Ciências Biológicas
ÁREA: Genética
RESUMO:

A forrageira Urochloa mosambicensis, conhecida vulgarmente por capim corrente, é
uma espécie de gramínea da família Poaceae originária do Zimbábue e foi introduzida
no Brasil em 1922 para alimentação de animais criados no semiárido nordestino. De
importância econômica para pecuária de ruminantes da região, apresenta vantagens
como suportar pastejo próximo ao nível do solo e ser uma planta perene, bem adaptada
às regiões quentes e secas com chuvas no verão. Apresenta boa produtividade e
digestibilidade, além de altos níveis proteicos. O Sequenciamento de Nova Geração
(NGS) permite o desenvolvimento de marcadores moleculares, em especial marcadores
microssatélites de DNA, os quais para esta espécie são ainda inexistentes. Neste
contexto, o objetivo deste estudo foi gerar, organizar e disponibilizar informações sobre
o genoma de U. mosambicensis, assim como desenvolver ferramentas moleculares que
possam auxiliar os programas de melhoramento genético dessa espécie. Para esse fim,
foi extraído aproximadamente 1 mg de tecido vegetal, utilizando o DNeasy Plant Mini Kit
(Qiagen). A construção da biblioteca genômica foi realizada a partir de 0,2 ng de DNA
genômico, seguindo o protocolo padrão da Illumina Nextera DNA Kit. O
sequenciamento do DNA foi realizado utilizando o sequenciador MiSeq (Illumina). Um
total de 149.259 contigs, a partir de 57.170.592 reads, resultaram da utilização do
programa de montagem CLC Genomics Workbench 7.0.4. Tamanho mínimo e máximo
dos contigs foram 200 e 25.210 bases, respectivamente. Os contigs tiveram tamanho
médio de 383 bases. O programa Msatcommander 0.8.2 identificou loci microssatélites
com 2-6 repetições em blocos em 3491 contigs. Os softwares Krait v1.0.3 e o MSDB
(Microsatellite Search and Building Database) foram empregados para identificação e
avaliação dos microssatélites perfeitos e imperfeitos. Houve prevalência de
trinucleotídeos (31,52 loci/Mb) e pentanucleotideos (16,62 loci/Mb). Em relação ao
desenho de primers, os hexanucleotideos (87,18 %) e trinucleotídeos (86,96 %) foram
os que tiveram os maiores números de sequências aptas para amplificação. Primers
específicos foram projetados para vinte loci, sendo que todos os pares amplificaram
com sucesso regiões microssatélites em 39 acessos, produzindo uma média de 4,95
alelos por locus. Os valores de conteúdo de informação polimorfica (PIC) desses locais
variaram de 0,06 a 0,90 (média 0,49), e os valores associados de poder discriminante
(DP) variaram de 0,07 a 0,91 (média 0,54). Os marcadores demonstraram
transferabilidade para as espécies U. advena, U. oligotricha, U. brachyura e U.
xantholeuca. Utilizando o programa Structure, revelou-se que U. mosambicensis está
intimamente relacionado a U. oligotricha. Foram descritos, os primeiros loci
microssatélites para a Urochloa mosambicensis, com potencial para estudos de
caracterização genética da população, com possível utilidade para programas de
melhoramento com a espécie e outras do gênero Urochloa.


MEMBROS DA BANCA:
Interno - 778.751.253-91 - FRANCISCO DAS CHAGAS ALVES LIMA - UESPI
Interno - 423287 - JOSE RIBEIRO DOS SANTOS JUNIOR
Externo ao Programa - 068.464.242-53 - PAULO SARMANHO DA COSTA LIMA - EMBRAPA
Notícia cadastrada em: 06/02/2020 11:55
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