O Feijão-caupi e o feijão-fava são espécies de grande importância agronômica para o nordeste brasileiro. Entretanto, devido à baixa disponibilidade de cultivares resistentes, ambas as culturas são corriqueiramente atingidas por doenças que causam danos severos. Dentre elas, destaca-se a antracnose, uma doença provocada majoritariamente por um fungo denominado Colletotrichum truncatum, que causa sintomas em folhas e vagens. O problema se agrava ainda mais devido a habilidade dessa espécie de sobreviver em hospedeiros secundários, como o anil roxo, que possuem maior variabilidade genética em comparação com o feijoeiro. Esse cenário pode acelerar o surgimento de linhagens fúngicas mais adaptadas às técnicas de manejo atualmente aplicadas, além de facilitar a permanência do patógeno em campo. Para solucionar esse problema, estudos de estrutura genética utilizando marcadores moleculares são fundamentais para elucidar a diversidade genotípica de C. truncatum em campos de produção de feijões, sendo uma peça essencial para retardar o aparecimento de novas linhagens e auxiliar os programas de melhoramento no desenvolvimento de cultivares resistentes à antracnose. Diante do exposto, este estudo tem como objetivo determinar a estrutura genética de C. truncatum em áreas produtoras de feijão-caupi e feijão-fava no Nordeste e determinar a variação de agressividade e sensibilidade a fungicidas entre genótipos do patógeno.